在日本近代历史的背景下，基督教大学的建立与发展，可以说是一段颇为特殊的教育历程。这不仅仅是因为它们在日本的宗教教育中占据了一席之地，更是因为它们在日本的现代化进程中扮演了某种桥梁的角色。
最早的基督教大学可以追溯到19世纪末。当时，日本正处于明治维新后的快速现代化阶段，政府对外来文化和思想的接受度相对较高。在这样的背景下，一些外国传教士和教育家开始在日本建立学校，试图通过教育传播基督教的价值观。其中，最著名的莫过于1875年由美国传教士创立的同志社大学。同志社最初是一所神学校，逐渐发展成为一所综合性大学，涵盖了文学、法学、经济学等多个学科。
据一些记载，同志社的创立者新岛襄在创立学校时，曾明确表示希望这所学校能够成为“日本与西方文明之间的桥梁”。这种理念在当时并不罕见，许多传教士和教育家都希望通过教育来促进东西方文化的交流与融合。随着时间的推移，这些基督教大学的角色也逐渐发生了变化。
到了20世纪初，日本的民族主义情绪开始抬头，政府对宗教教育的控制也逐渐加强。基督教大学在这种环境下不得不做出调整。有些学校开始减少宗教课程的比例，转而更加注重世俗学科的教学；有些则选择与政府合作，接受政府的资助和监管。比如立教大学（原名立教学校）就在这一时期逐渐从一所神学校转变为一所综合性大学。
尽管外部环境发生了变化，这些基督教大学依然保留了一些独特的传统和价值观。比如后来有人提到过同志社大学的“自由精神”和对社会问题的关注；立教大学则以其国际化程度高而闻名。这些特点使得它们在日本的高等教育体系中独树一帜。
二战结束后，随着日本的重建和民主化进程的推进，基督教大学再次迎来了新的发展机遇。许多学校在这一时期进行了大规模的改革和扩展，吸引了更多的学生和学者加入其中。关西学院大学在这一时期的迅速崛起——它不仅在学术上取得了显著成就，还在社会服务和文化交流方面做出了不少贡献。
这些年来也有不少争议围绕着这些学校的宗教背景展开——比如有些人质疑它们是否过于依赖国外资金或者是否过于保守等等——但无论如何它们在日本高等教育史上留下的印记是不可忽视的
